damit du dich auch freuen kannst.... was du da grad bearbeitet hast, ist längst nicht mehr die aktuellste Version. Der Headerbereich wurde mittlerweile auf Grund der Rückmeldungen und Tickets neu gecodet, u.a. auch die angesprochene div-Geschichte. Die aktuellen Dateien gibt es über die
Projektseite 
Hintergrund ist, das der Headerbereich in verschiedenen Bildschirmgrößen wohl auch immer unterschiedlich aussah.
zu den CSS: Einleitend: was wir aktuell haben, ist eine Übergangsphase mit einer Mischung aus Abwärtskompatiblität und dem Wissen, das viele Nicht-Core-Module plötzlich ihr Design verlieren, wenn das, was in der Planung ist, sofort konsequent durchgezogen würde. Das gleiche Problem besteht in anderer Form auch bei den Sprachdateien.
Ich persönlich ziehe es alle Male vor, die Inhalte der CSS-Dateien in kleinere, überschaubare Dateien aufzuteilen. Hat auch den Vorteil, das ich nicht jedes Mal die eine riesige CSS-Datei laden muß, sondern nur den Bereich, der nötig ist.
Aus meiner Sicht spielt das, dank Browsertools, auch keine Rolle mehr, wo sich eine Definition XY befindet, da man in der Regel Dateiname und Zeilennummer angezeigt bekommt. Hat man alles in einer einzigen Datei, muß man wohl immer Kompromisse machen oder eben halt eine weitere Definition einfügen, um ein bestimmtes Ziel zu erreichen
DIV's - da wird es wohl keine andere Lösung geben. Ich verzichte mittlerweile komplett auf Tabellen. Die bekomm ich zwar auch responsive, aber da der Umbau auf TWIG eh ansteht, kann ich auf ein X-Mal verschachteltes TABLE auch gleich verzichten, denn da gibt es in der responsiven Variante einer Tabelle auch Probleme
persönlich: Wenn jemand das Theme für sich umbaut, hat das immer seine Gründe. Bei mir ist es meist der Wiedererkennungswert, heißt: farbliche Anpassung ans Frontend-Thema.
Hab aber auch Sachen, die mir persönlich wichtig sind. Für Fähnchen statt dem Language-Code in der seitenübersicht gibt es zwar von Darkviper welche an die Ohren,

ist bei mir in einer mehrsprachigen Seite aber Pflicht. Und eine farbliche Kennzeichnung der Links in der Übersicht, abhängig vom letztem Speicherdatum, wurde von vielen geschätzt.
Wenn du magst, lass doch mal sehen

Nur, um es mal gesagt zu haben: Was im DefaultTheme vorhanden ist, ist nicht in Stein gemeißelt und hat auf ewig so zu bleiben. Viele Leute haben viele Ideen und mitunter hat jemand Vorschläge, was wo unbedingt hinein sollte oder anders aussehen sollte. In der 2.10er-Reihe wird es wohl keine neuen Feautures im Core mehr geben, aber in den Addons wird sicher einiges machbar sein.
Nutzt die
Projektseite und das Ticketsystem. Dort gibt es auch die Möglichkeite, Feauture-Wünsche einzutragen